高港区境域在周秦时代即为海阳（今泰州）邑地。汉武帝元狩六年（前117）为海陵县地。有史记载追溯至五代南唐升元元年（937）。清康熙《扬州府志》云：“南唐析济川镇置泰兴县，创治于柴墟。宋初徙治延令村，是为今县治。”柴墟是口岸的古称。南宋建炎四年（1130），岳飞任通泰镇抚使兼知泰州，因泰州无险可恃退保柴墟，在南坝桥大败金兵。南宋绍兴十年（1140），泰州的治所曾一度移至柴墟。元末，徐达为进攻泰州，自境内大江口开浚河道直至泰州南门。明嘉靖年间（1522～1566），泰州至泰兴的驿道经过境内，并设刁家渡铺、口岸铺。明代，口岸成为泰兴的西北重镇，先后建有口岸察院、口岸公馆等。清代在口岸设巡检司，所治范围为泰兴县的西北片。清雍正十三年（1735），泰兴全县分为四辖，口岸巡检司所治地域为“口辖”。口岸逐渐发展为长江北岸的一个重要港口和物资集散地。民国时期，境内各乡镇分属泰兴、泰县。民国38年（1949）4月，中国人民解放军第三野战军副司令员兼副政委粟裕等，率司令部直属队抵达白马庙（今白马镇），设立东突击集团渡江作战指挥部。4月23日，成立中国人民解放军华东军区海军司令部，张爱萍任司令员兼政委，白马庙成为中国人民解放军海军诞生地。1997年8月，国务院批准设立泰州市高港区。
